Es gibt ein Problem mit manchen Portfolio-DOS Versionen bezüglich der Zusammenwirkung des Move File Pointers (Int 21H Fn 42H, auch als „ISEEK()“ bekannt), und dem Schreiben in Dateien die dadurch größer werden. Das Problem tritt auf wenn die Dateigröße der Sektorgröße entspricht (128 Bytes bei 32KB-Karten, 256 Bytes bei 64KB-Karten und 512 Bytes bei 128KB-Karten).

Eine Möglichkeit dies in Datenbankanwendungen zu umgehen wäre es mit möglichst großen Dateien zu beginnen und dann die Einträge darin zu verändern. Da die Datei somit nicht vergrößert wird, tritt diese Problem nicht auf. Eine etwas komplexere Alternative ist sicherzustellen, daß ein Eintrag nie unmittelbar nach einem Iseek() geschrieben wird und somit die Sektorgrenze erreicht.

Bei manchen Portfolio-DOS Versionen ist der Programm-Loader nicht in der Lage Programme mit einer bestimmten Länge zu laden. Die Meldung „EXEC error“ erscheint und dias Programmm wird nicht geladen. Eine Lösung besteht darin das Programm zu modifizieren um dessen Größe zu verändern.

Bei den Portfolio DOS Versionen vor 1.43X ist ein zuverlässiger Disk-Betrieb nur dann möglich, wenn der Träger nur einen Sektor pro Cluster hat. Dies ist die Struktur mit der alle Speicherkarten standardmäßig formattiert werden, das Problem betrifft nur andere Massenspeicher oder ungewöhnliche Kartenformatierungen.